第二代奥迪A3（2003年-2013年）累计生产100万里程碑
在2003年的日内瓦车展上，奥迪推出了第二代A3。这一代车型采用了升级后的PQ35平台开发，相比前代车型，在平台技术和车辆性能上有了显著提升。截至2003年底，奥迪A3(参数|询价)系列车型在全球范围内的累计生产量达到了100万辆。不仅在豪华紧凑型轿车市场上占据了一席之地，也成为了奥迪品牌的一张亮丽名片。
第二代奥迪A3的设计工作由奥迪外观设计总监Gary Telaak担纲，延续了奥迪品牌的经典设计语言，整体风格现代而运动。第二代奥迪A3前脸部分采用更低的中网、更低的进气口设计，看起来有一种蓄势待发的感觉，搭配锐利的前大灯组，使得整车看起来更加运动和时尚。
最先推出的是三门版车型，车身尺寸为4215*1765*1420mm，轴距为2578mm。动力方面提供包括：3.2L VR6发动机、1.6FSI直喷汽油发动机、2.0TFSI直喷汽油发动机、1.9TDI涡轮增压柴油机、五挡及六挡手动变速器、六挡tiptronic自动变速器以及quattro全时四轮系统，这些领先技术带来了出色的运动性能。
2004年，第二代奥迪A3五门Sportback车型问世，相比三门车型加长80mm，后排空间更宽敞，行李厢容积更大达到370升。它还采用了最初在A8 W12上引入的新一代一体式格栅设计，后来这一设计被整个A3系列所采用。2005年，奥迪A3首次推出“S line”运动版，以满足追求活力与运动的驾驶者的需要。同年，奥迪A3首次进入北美市场。
改款及衍生车型
2006年，奥迪推出了第二代S3，提供三门和五门版本，搭载经过改进和升级的2.0TFSI汽油发动机，最大功率为195千瓦。传动系统匹配六速手动和六速S-Tronic自动变速箱，配合quattro四驱系统，使得0-100公里/小时加速时间达到5.7秒。
2008年，第二代奥迪A3及S3车型迎来中期改款，重新设计了前后造型，采用了改良的格栅和日间行车灯，引入了共轨2.0TDI发动机，并提供七速S tronic双离合变速器及自适应减震器作为选装。同时，新车还推出了一款敞篷版车型，其尺寸与三门版相似。
2010年，基于五门版打造的奥迪RS 3 Sportback问世。车辆轮距加宽至1564mm，采用铝制麦弗逊式前悬架，车身降低25mm。车辆配备19英寸轮圈，制动系统采用370mm前通风刹车盘和310mm后通风刹车盘，刹车盘盖为铝制，四活塞固定卡钳采用高光黑色并带有RS标识。电子稳定程序配备运动模式，前翼子板采用碳纤维增强塑料（CFRP）制成，门槛饰板和车外后视镜外壳采用哑光铝材质，车顶配备扰流板，后扩散器装饰件为高光黑色，排气采用单边共双出布局。
内饰为黑色，运动座椅采用Nappa皮革包裹，并配有银色对比缝线，内饰嵌件可选择钢琴黑色或铝制赛车颜色，配备平底皮革多功能运动方向盘。动力系统搭载来自TT-RS的2.5L直列五缸缸内直喷涡轮增压发动机，最大功率为250千瓦，配备7速双离合变速器和quattro四驱系统，百公里加速仅为4.6秒。
第二代奥迪A3在中国
作为前奏，2010年6月，奥迪A3 Sportback首发限量版车型在中国上市，包括舒适型和豪华型，售价分别是29.8万元和31.8万元，全国限量700台。奥迪A3 Sportback首发限量版全系装备1.8 TFSI发动机和7速S tronic双离合变速箱，全系标配奥迪原装S line车身外观与内饰套件、全景天窗、方向盘换挡拨片等装备。
同年8月，奥迪A3 Sportback以进口方式全面进入中国市场，四款新车型分别为1.4T舒适型和豪华型，指导价分别为26.8万元和28.9万元；1.8T豪华型和尊贵型，指导价分别为：30.8万元和32.8万元。其主要竞争对手锁定为：奔驰B级和宝马1系。2011年8月，奥迪A3 Sportback推出小改款，增加了1.4T技术型，入门价格降至25.5万元。
