第二代领航员代号U228（2002年至2006年）
2003年，第二代林肯领航员经过了一系列变化和改进，外观被彻底重新设计了一番，但是依然与福特征服者共享同一平台，两款车也是同时更新换代，依旧延续着各自不同的风格。
全新的领航员首先在外观方面，采用了全新更大样式的瀑布式前中网，借鉴了1961年林肯大陆车型远近光独立分开的前大灯，与车身同色且带有镀铬装饰的门把手，更宽的门边脚踏板。只有前车门和车顶还与上代车型保持不变。
内饰方面，领航员的仪表和中控台布局，没有再和征服者采用同样的设计。全新的中控台使用了真正的核桃木作为装饰，为了进一步提高车内的高档感，仪表背景灯和各个功能按键灯，均都使用了白色LED光源。此外还在娱乐系统屏幕上方添加了一块钟表。最后为了保持中控台一体式的整洁度，还为导航娱乐系统的屏幕添加了与中控面板同色并带有Navigator（领航员）字样的掀盖。为了增加后排乘客的舒适感和便利性，第三排座椅甚至配备了电动折叠功能。
安全方面，领航员引进了福特公司的安全气帘和胎压监测系统。而牵引力控制系统和车身稳定控制系统，被作为了2004年款车型的选装配置。为了提高上下车的便捷性，还增加了电动伸缩脚踏板，这项配置是首次在汽车上所配备。而后尾箱门也采用了电动开启的方式。后排娱乐系统更新为DVD播放格式。氙气大灯成为了选装配置。
现如今这些豪华、便利的配置在20多万元左右的车上就已经配备了，但是在2002、03年时国内汽车市场中SUV车型少之又少，像电动调节座椅或电动天窗之类的配置，也只能在当时的一些中高档轿车上见到。然而从配置丰富、功能齐全的林肯领航员就可以看出当年美国汽车市场的先进程度。
底盘方面也是从新设计过的，更换了更小转向比的转向系统和全新的独立悬架，与此同时带来了更好的操控性和驾乘舒适感，而且领航员继续使用空气悬架。为了使身躯庞大的领航员能更好的出入各类停车场，车身降低了约25mm（1英寸）。当时领航员全系都已标配18英寸7.5J的铝合金轮圈，此外还可选装18英寸8J的尺寸。唯一的缺点是由于第二代四驱版本车型比上代车型重了186kg，车辆总重为2718kg，因此这一代车型的牵引能力受到了一定影响。
但后来因成本问题，在动力方面林肯把原先的5.4L V8 DOHC 每缸4气门的自然吸气发动机，换成了2004款福特F-150的5.4L V8 SOHC 每缸3气门的自然吸气发动机，最大功率依旧是300马力，而扭矩被提高到了495牛·米。与其搭配了全新的ZF 6速自动变速箱。
在领航员2005款车型中，方形的前雾灯取代了原本圆形的雾灯，车身稳定控制系统和氙气大灯都成为了标准配置。车身重量被减轻了，后驱版本达到了2520kg，四驱版本则为2650kg，牵引能力提升至3900kg（后驱版）和3800kg（四驱版）。
2006年款领航员则是第二代的最后一款车型，就在换代之前，领航员还推出了一款终极选装包，其中包括了带有声控功能和触摸屏幕的DVD导航系统，THX音响和后排娱乐系统。就此林肯结束了第二代领航员的生产，同时也意味着即将要开始研发下一代更为先进的车型。
2005年，因根据中美两国签订的双边贸易协定，中国允许美国汽车厂商出口一定数量的汽车在国内销售。就此，在5月26日由福特汽车引入的第二代林肯领航员在国内上市，可是当时只摆在福特汽车展厅中销售。后来因为品牌宣传差、车型价位高等原因领航员在国内的销售情况不是很好，苦撑了三年最终在2008年，林肯宣布了退出中国汽车市场的消息。
