◆ 日版第二代奥德赛（1999年-2003年）
1999年12月，本田在日本市场正式推出了第二代奥德赛。新一代奥德赛在整体造型上基本遵循了第一代车型的设计，仅在车头、车尾的细节处理上有所变化，因此更像是对第一代奥德赛进行了一次升级，使车子看上去更显时尚。
第二代奥德赛的车身尺寸长宽高分别为：4770mm×1795mm×1630mm，相比前代车型拥有更加宽大的车身，且底盘和车身重心更低，而轴距没有变化，仍为2830mm。第二代奥德赛的内饰经过重新设计，中控台以驾驶者为中心，方向盘仍是四辐式造型，换挡杆从转向柱侧面移至仪表台中间位置，而诸如音响系统、空调系统等功能模块也都进行了重新布置。
第二代奥德赛继续提供6座或7座版本，并且拥有灵活多变的组合方式，第二排座椅可以前后移动，单独放倒或折起，同时还增加了儿童安全座椅的ISOFIX接口，第三排座椅也能够整体放倒或翻折隐藏于后备厢地板中。另外，原本固定在后备厢侧壁上的备胎也变换了位置，被移至第三排座椅下面的位置。
动力和底盘部分，第二代奥德赛继续搭载型号为F23A的2.3L直4发动机，经过重新调校，发动机的最大输出功率为150马力/5800rpm，峰值扭矩提升为206牛·米/4800rpm，与发动机匹配的是4速自动变速箱。同时，本田还继续提供另一款搭载型号为J30A 3.0L V6发动机的车型，经过重新调校，其最大输出功率提升为210马力/5800rpm，峰值扭矩达到270牛·米/5000rpm，与发动机匹配的是一款新的5速自动变速箱。另一方面，第二代奥德赛的底盘结构相比第一代没有变化，日本本土除提供前驱版车型，还继续提供四驱版车型。
2001年11月起，第二代奥德赛车系中首次新增了Absolute运动版，该版本是由本田与其御用改装厂Mugen合作推出的，Absolute版奥德赛在外观、内饰上都更富运动气息，并且配备了17英寸的大尺寸车轮，悬架调校也更偏向运动。特别版方面，第二代奥德赛曾推出过一个Almas版，它是为残疾人设计的，采用了电动升降式座椅，座椅还可旋转，方便残疾人乘客上下车。
北美版第二代奥德赛（1999年-2004年）
由于第一代奥德赛在美国一直处于销售低迷的状态，因此本田决定为北美市场单独开发第二代奥德赛。北美版第二代奥德赛的研发工作仍由日本工程师小田垣邦道总体领导，他与项目组成员用6个月时间在美国进行实地考察，发现MPV在美国不是用于旅行度假，而是用于每天的生活当中，于是便有了更符合美国消费者需求的北美版第二代奥德赛。
本田为北美消费者打造的第二代奥德赛为7座车型，在外形上相比第一代拥有了更多的棱角，车身尺寸明显增大，长宽高分别为5110mm×1920mm×1770mm，轴距更是达到了3000mm。更重要的变化是后排车门的打开方式改成了便于操作的电动侧滑门。
动力系统部分，本田为北美版第二代奥德赛提供了一款3.5L V6发动机，最大功率213马力/5200rpm，峰值扭矩229牛·米/4300rpm，搭配4速自动变速箱。2002年中期改款后，发动机的动力大幅提升至243马力/5500rpm，峰值扭矩为242牛·米/4500rpm，变速箱升级为5速自动变速箱。北美版第二代奥德赛在美国市场取得了巨大成功，年销量相比第一代车型增长了数倍，一跃成为同级别车型中的销量冠军。另外值得一提的是，北美版第二代奥德赛还曾以LaGreat的名字，于1999年-2005年期间在日本进行销售。
广汽本田第二代奥德赛（2002年-2005年）
第二代奥德赛于2002年4月在广汽本田投产，广汽本田奥德赛以日版第二代奥德赛为原型，从开发阶段开始，就对中国多人乘座的车型需求进行了分析，同时，对国内道路的实际行车路况进行了反复测试考察。为了能够适应中国道路情况，广汽本田对奥德赛进行了多项改进。
最初上市的2.3L 7座版车型，官方售价为29.8万元。考虑到奥德赛这个名字在国际上的知名度和认可度，广汽本田决定在中国市场也采用由英文名音译而来的“奥德赛”。同年12月，广汽本田奥德赛又增加了两个新车款，其中精致版售价27.8万元，普通版售价26.8万元。
