1961-1969款林肯Continental
Continental的超高端定位就决定了它的销量不会太好，但持续的亏损也让这个新部门难以为继，于是福特又在1960年将Continental部门整合进了林肯品牌，这一年面世的新Continental又从一个独立品牌变回了林肯旗下的车型。为了节约成本，这一代Continental使用了和当时福特Thunderbird相同的底盘，但设计方面做了一些更加偏向豪华和舒适的修改。同时为了增加豪华氛围，车内也大量采用了加州胡桃木贴片的内饰板。
完成换代的1961款林肯Continental拥有双门硬顶、四门轿车和四门敞篷三种车身形式，在结构方面它有两个改变，一是尺寸变小了，它是1956年以来最紧凑的Continental车型，首先轴距大幅缩水203mm，减小到了3124mm，长宽高也被缩小到5395mm、1996mm和1361mm。林肯宣称为Continental“瘦身”可以方便泊车以及女性司机驾驶，然而接下来的改款中Continental身材却一再反弹，到1969款的长度又增加到了5695mm。根据配置的不同，这一代Continental的整备质量为2300-2600kg，为了更好的控制如此沉重的车身，前轮盘式刹车从1965款开始成为了标配，此外，前排座椅安全带也在这款车型上得到了普及。
这代Continental另一个更大的变化是四门版车型的后门采用了反向开启的“自杀门”。这主要是为了方便后排乘客的上下车，毕竟这台车的消费者非富即贵，上下车姿势的优雅也是很有必要的。由于反向开启的车门有一定危险，林肯还为这台车安装了车门指示灯，另外还采用了气动门锁。动力方面，这一代Continental使用了7.0L、7.5L和7.6L三种V8发动机，与之匹配的是3速自动变速箱。从最初的1961款开始，每一年林肯都会对Continental进小幅修改，截至最后的1969款，这一代Continental一共售出了超过33万台。
肯尼迪总统座驾
1961年开始，林肯Continental再次成为总统座驾，这次它服务的是美国第35任总统肯尼迪。它是在一台深蓝色1961款四门敞篷上改装而成的，根据特勤局的要求，这部车的轴距被加长至3962mm，防弹装甲等高等级安全配置也被隐藏到它的车身之内。此外，包括这台车在内的早期美国总统专车都采用了敞篷形式，因此林肯还专门为这台车提供了可拆卸的透明防弹罩。
1963年，肯尼迪总统来到德克萨斯州达拉斯市进行争取连任的活动，德州是共和党的票仓，而出身民主党的肯尼迪总统为了显示自己对达拉斯人民的信任，特意要求摘掉自己Continental的防弹车篷，然而却在乘车途径迪利广场时遭遇枪击不幸身亡。而后这台特勤局代号为SS-100-X的总统座驾在经过修复和加强之后又继续为白宫服务了很多年，如今被永久保存在了底特律的亨利·福特博物馆中。
1969-1971款林肯Continental Mark III
较之前代产品，新添了两个车门的Continental无疑更具实用性，适用的场合更加广泛，因此也取得了更好的销量，但这却多少背离了前两代车型的定位，于是林肯在1967年推出了仅有双门版的林肯Continental Mark III，这台车和1958款的Continental Mark III同名，只不过品牌变成了林肯。它和当时的Continental一样给予福特Thunderbird底盘打造，因此被人们称为“有劳斯莱斯进气格栅的福特Thunderbird ”，除了这个车头的格栅，它还有两个特点，一是隐藏式头灯，再有就是和Continental Mark II一样的备胎形状后备厢盖凸起。
1970-1979款林肯Continental
林肯Continental从1961款到1969款每年都在经历小幅改进，但从没有真正的换代，这种情况在1970款Continental上终于得以改变。为了控制成本，这一代车型继续共享福特集团其他车型的底盘，这次它的兄弟车型是福特LTD和水星Marquis。
1969款款林肯Continental Mark III的造型受到了市场的认可，于是林肯为全新换代的1970款Continental穿上了风格相似的“新衣服”，只是后备厢盖上的备胎凸起没有被继承下来。1970款开始的Continental同上代车型一样同时拥有四门和双门版本，但四门版的后门取消了反向开启的“自杀门”，转而采用了更加正常的形式。此外，当时流行的皮革车顶也出现在了它的身上。与此同时，这一代车型还标配了双向电动调节座椅、可调头枕、可自动释放的手刹等配置。
身材方面，新一代Continental继续加大，其中轴距达到了3226mm，后期版本更是长达3231mm。1970款车型的“三围”是5715mm×2022mm×1415mm，此后几乎每年林肯都会为Continental“增肥”，到了1977年，它的全长已经达到了前所未有的5918mm，同时整备质量也达到了2200-2400kg。体量的增长也让林肯抛弃了曾在上代车型上采用的承载式车身结构。
这一代Continental的动力和前任相比没有太大变化，但在它的生产周期中，外观内饰和从前的几十年一样经历了频繁的改款，林肯这样做主要是为了避免消费者对自己的产品产生审美疲劳。于此同时，它还推出了多款特别车型，其中就包括为纪念林肯品牌诞生50周年的金婚纪念版Continental Town Car和双色车身的威廉斯堡版Continental Town Car等。另外，在1972款林肯Continental基础上打造的总统专车为三任美国总统服务了长达10年之久。
1972-1976款林肯Continental Mark IV以及1977-1979款的Mark V
在生产标准版林肯Continental的同时，林肯还在售卖Mark系列车型，它们分别是1972-1976款的Mark IV以及1977-1979款的Mark V。它们都是基于1972版福特Thunderbird底盘打造，同时继承了Continental Mark III的大部分外观特征，包括直瀑式进气格栅和后备厢盖上的备胎隆起。动力方面和普通版相比没有什么特殊之处，但由于定位的原因，它拥有更加个性的“豪华包”颜色方案，包括月光之尘银、蔓越莓红等。此外，Mark IV还有几个设计师特别版的颜色组合，纪梵希版、卡地亚版等都在其中。
